Die noch heute in der St. Willehadi-Kirche gespielte Orgel wurde 1731-1734 von Erasmus Bielfeldt, einem Schüler von Arp Schnitger, gebaut. Dem renommierten Orgelsachverständigen und Organisten Prof. Harald Vogel zur Folge ist “ein solches original erhaltenes Instrument … einzigartig”. (Quelle: Hamme Report 28.1.2009)

Nach Angaben der Kirchengemeinde St. Willehadi ist die Orgel das vollständigste und klanglich am besten erhaltene Werk aus der Schnitger-Schule und gehört damit zu den wichtigsten historischen Orgeln Deutschlands aus der Zeit von Johann Sebastian Bach.

1731 wurde mit Bielfeldt ein Vertrag zum Bau einer zweimanualigen stattlichen Orgel in der St. Willehadi-Kirche abgeschlossen. Der Orgelbaustil Bielfeldts besteht aus einer Mischung der Bauweisen von Dropa und Schnitger und zeigt auch eigene Stilmerkmale wie den hohen Bleianteil im Pfeifenwerk und einen weichen, singenden Klang. Der Gesamtklang (das „Plenum“) ist milder und gleichzeitig farbiger als bei Schnitger. Beim Kirchenneubau 1745/46 stellte Bielfeldt die Orgel auf der heute noch vorhandenen Orgelempore auf, wodurch eine gute Klangabstrahlung in den Raum entstand.

1767 erweiterte der Stader Bielfeldt-Schüler Dietrich Christoph Gloger das Instrument um eine Vox humana. Für dieses damals modische Register wurden die Windlade und das Gehäuse des Hauptwerkes erweitert. 1870 erneuerte der Stader Orgelbauer Johann Hinrich Röver die Windladen des Pedals nach einem Wasserschaden und ersetzte die Vox humana durch eine Gedackt 8′. 1917 mussten die aus reinem Zinn hergestellten Prospektpfeifen im mittleren Manualgehäuse (Principal 8′ aus dem Hauptwerk) als Kriegsspenden abgeliefert werden. 1935 wurden sie im Rahmen einer Restaurierung durch die Orgelfirma Wetzel aus Hannover provisorisch aus Zink ersetzt. Der Grundcharakter der Orgel, vor allem die außergewöhnlich gut erhaltene Intonation des sehr vollständig überlieferten Pfeifenwerks, wurde bei den Arbeiten von Wetzel nicht angetastet.

1970-1972 wurde das Instrument nach den Plänen der Orgelsachverständigen Harald Vogel und Franz Lengemann behutsam restauriert, ohne dass Originalteile verändert wurden. Die Orgelbauer Harry und Guntram Hillebrand (Hannover) rekonstruierten die Pedalwindladen, die Pedalklaviatur und die fehlenden Pfeifen. Erstmals in Niedersachsen wurde eine konsequente Restaurierung und Rekonstruktion der technischen Anlage und des Pfeifenwerks im Sinne des Erbauers durchgeführt. 1974 wurde die 1931 eingebaute moderne Balganlage unter Verwendung alten Materials durch drei Keilbälge ersetzt. 2004 baute Martin Hillebrand das Pfeifenwerk und die Zinnpfeifen im Prospekt des Hauptwerkes wieder ein. 2008/2009 musste die Firma Hillebrand die auf Grund ihres hohen Bleigehaltes teilweise eingeknickten 14 Prospektpfeifen auf dem südlichen Pedalturm reparieren.